Propagation of an Acoustic Pulse of Finite Amplitude in a Granular Medium

A study of propagation of a wide-band acoustic signal in a granular medium is reported. Experimental data on the propagation of pulses with an amplitude up to 3 MPa and characteristic length about 1 µs through a sample of cobalt-manganese nodules are compared with a computer model of the process. An anomalous sig'rfal absorption in the high-frequency range observed with relatively weak sounding pulses is explained under the assumption of a fractal sample structure on a certain scale. When the signal amplitude increases, the ahsorption assumes a normal power form which is evidence of substance structural changes

Experimental Verification of Internal Convergence of Iterative GMDH Algorithms

The availability of so-called internal convergence of some iterative GMDH algorithms is verified in this paper using computational experiments.В статті за допомогою обчислювальних експериментів перевіряється наявність так званої внутрішньої збіжності деяких ітераційних алгоритмів МГУА.В статті за допомогою обчислювальних експериментів перевіряється наявність так званої внутрішньої збіжності деяких ітераційних алгоритмів МГУА

Программный комплекс моделирования сложных систем на основе итерационных алгоритмов МГУА с возможностью сетевого доступа

Описано структуру спеціалізованого програмного комплексу моделювання на основі ітераційних алгоритмів методу групового урахування аргументів (МГУА) з можливістю мультидоступу через Інтернет або локальну мережу. В програмному комплексі процес моделювання реалізовано у трьох режимах діалогу – два автоматичних (стандартний та плановий) та один інтерактивний, коли можна втручатися в процес самоорганізації моделей. Програмне забезпечення працює з різними наборами даних у форматі Excel та текстовому редакторі Блокнот. Будуються моделі різної складності та структури з різним розбиттям вибірки. Найкращі моделі представляються системою для графічного і змістового аналізу та зберігаються в базі даних разом із проміжними розрахунками і результатами експериментів для подальшого застосування. Система одночасно працює з трьома базами даних: початковою, базою даних проміжних розрахунків та базою даних результатів.The structure of specialized modeling software based on iterative algorithms of the group method of data handling (GMDH) with the possibility of multiple access via the Internet or LAN is described. In the simulation software package implemented in three modes of dialogue – two automatic (standard and planning) and one interactive – where you can intervene in the process of self-organization models. The software works with different sets of data in Excel and Notepad text editor. The models construct of varying complexity and structure and with different sample decomposition. The best models are presented for the graphic system and semantic analysis and stored in the database along with the intermediate calculations and experimental results for later use. The system works with three databases: an initial database, database of intermediate calculations and results database.Описана структура специализированного программного комплекса моделирования на основе итерационных алгоритмов метода группового учета аргументов (МГУА) с возможностью мультидоступа через Интернет или локальную сеть. В программном комплексе процесс моделирования реализован в трех режимах диалога – двух автоматических (стандартный и плановый) и один интерактивный – когда можно вмешиваться в процесс самоорганизации моделей. Программное обеспечение работает с различными наборами данных в формате Excel и текстовом редакторе Блокнот. Строятся модели различной сложности и структуры с различным разбиением выборки. Лучшие модели представляются системой для графического и смыслового анализа и хранятся в базе данных вместе с промежуточными расчетами и результатами экспериментов для дальнейшего применения. Система одновременно работает с тремя базами данных: начальной базой данных, промежуточных расчетов и базой данных результатов

Experimental Verification of Internal Convergence of Iterative GMDH Algorithms

Описана організація мультидоступу до програмного комплексу моделювання складних систем. Використання багатозадачних операційних систем дозволяє запускати на багатопроцесорних (багатоядерних) комп'ютерах паралельне обчислення декількох задач, шляхом виділення для обчислення кожної задачі окремого ядра процесора..The paper describes multi-access method organization to computing system of complex systems modeling. Operating system multitasking allows you to run on multiprocessor (multi-core) computer multiple tasks in parallel by assignment a separate processor core for each taskОписана организация мультидоступа к программному комплексу моделирования сложных систем. Использование многозадачных операционных систем позволяет запускать на многопроцессорных (многоядерных) компьютерах параллельное вычисление нескольких задач, путем выделения для вычисления каждой задачи отдельного ядра процессора

Програмний комплекс моделювання складних систем на основі ітераційних алгоритмів МГУА з можливістю мережевого доступу

The structure of specialized modeling software based on iterative algorithms of the group method of data handling (GMDH) with the possibility of multiple access via the Internet or LAN is described. In the simulation software package implemented in three modes of dialogue — two automatic (standard and planning) and one interactive — where you can intervene in the process of self-organization models. The software works with different sets of data in Excel and Notepad text editor. The models construct of varying complexity and structure and with different sample decomposition. The best models are presented for the graphic system and semantic analysis and stored in the database along with the intermediate calculations and experimental results for later use. The system works with three databases: an initial database, database of intermediate calculations and results database.Описана структура специализированного программного комплекса моделирования на основе итерационных алгоритмов метода группового учета аргументов (МГУА) с возможностью мультидоступа через Интернет или локальную сеть. В программном комплексе процесс моделирования реализован в трех режимах диалога — двух автоматических (стандартный и плановый) и один интерактивный — когда можно вмешиваться в процесс самоорганизации моделей. Программное обеспечение работает с различными наборами данных в формате Excel и текстовом редакторе Блокнот. Строятся модели различной сложности и структуры с различным разбиением выборки. Лучшие модели представляются системой для графического и смыслового анализа и хранятся в базе данных вместе с промежуточными расчетами и результатами экспериментов для дальнейшего применения. Система одновременно работает с тремя базами данных: начальной базой данных, промежуточных расчетов и базой данных результатов.Описано структуру спеціалізованого програмного комплексу моделювання на основі ітераційних алгоритмів методу групового урахування аргументів (МГУА) з можливістю мультидоступу через Інтернет або локальну мережу. В програмному комплексі процес моделювання реалізовано у трьох режимах діалогу — два автоматичних (стандартний та плановий) та один інтерактивний, коли можна втручатися в процес самоорганізації моделей. Програмне забезпечення працює з різними наборами даних у форматі Excel та текстовому редакторі Блокнот. Будуються моделі різної складності та структури з різним розбиттям вибірки. Найкращі моделі представляються системою для графічного і змістового аналізу та зберігаються в базі даних разом із проміжними розрахунками і результатами експериментів для подальшого застосування. Система одночасно працює з трьома базами даних: початковою, базою даних проміжних розрахунків та базою даних результатів

Accounting for Intraligand Interactions in Flexible Ligand Docking with a PMF-Based Scoring Function

We analyzed the frequency with which intraligand contacts occurred in a set of 1300 protein–ligand complexes [Plewczynski et al. J. Comput. Chem. 2011, 32, 742–755.]. Our analysis showed that flexible ligands often form intraligand hydrophobic contacts, while intraligand hydrogen bonds are rare. The test set was also thoroughly investigated and classified. We suggest a universal method for enhancement of a scoring function based on a potential of mean force (PMF-based score) by adding a term accounting for intraligand interactions. The method was implemented via in-house developed program, utilizing an Algo_score scoring function [Ramensky et al. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2007, 69, 349–357.] based on the Tarasov-Muryshev PMF [Muryshev et al. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2003, 17, 597−605.]. The enhancement of the scoring function was shown to significantly improve the docking and scoring quality for flexible ligands in the test set of 1300 protein–ligand complexes [Plewczynski et al. J. Comput. Chem. 2011, 32, 742–755.]. We then investigated the correlation of the docking results with two parameters of intraligand interactions estimation. These parameters are the weight of intraligand interactions and the minimum number of bonds between the ligand atoms required to take their interaction into account